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以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔（Bell Tree Tower）竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望台上享受著絕美的景色。就在此時，一發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了一個男人的胸膛。案件發生於一瞬之間，完全搞不清到底發生了什麼，小蘭與少年偵探團陷入恐慌。 柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了一個黑色的身影。「從那麼遠的距離進行狙擊，怎麼可能？！」柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算一起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也捲入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海裡。 於是柯南和世良協力，而警察和FBI合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊「海豹突擊隊（Navy Seals）」的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第一步！與此同時，住在工藤新一家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來…… |