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在過去的歷史之中，傳說著曾有人類以高科技創造了可飛行於天空的城市。雖多數認為這是虛構幻想出來的事物，但仍有相信飛行城市存在而試圖尋找出的人們。 某一日晚上，搭載眾多旅客的飛行客船突遭到空中海盜團的襲擊和入侵，空中海盜的目標是搭乘飛行船的其中一位名叫希達的少女身上所攜帶與飛行城市傳說相關的物品「飛行石」。而希達為了企圖逃避空中海盜的追擊而不慎從飛行船上摔落掉入雲層中。 掉入雲層裡希達因身上飛行石的力量、而漂浮於空中緩慢降落於地面，並被同一時間在礦場工作的少年巴魯給發現，之後巴魯將希達帶回安置在家中照顧。 隨後希達向巴魯表示身上所擁有的飛行石皆被政府特務、軍隊與空中海盜團朵拉一族所覬覦，巴魯與希達於是開始展開了逃亡。 |